OGMs contienen diversas proteínas y por lo tanto pequeños péptidos que tienen el potencial de causar una reacción inmune una vez consumidos. Por lo tanto, OGMs pueden causar problemas alérgicos vía dos formas: pueden contener un alergénico conocido o pueden contener proteínas con potencial alergénico desconocido que puede causar el desarrollo de una alergia en una población. Diferentes estudios han mostrado que alergenos trasferidos de otros organismos a OGMs pueden causar una reacción alérgica en personas que presentan alergias alimenticias. Por ejemplo, soja transgénica que contenía un gen insertado de una nuez Brasilera mostró que ocasionaba reacciones alérgicas en personas alérgicas a esta nuez Brasilera pero que no tenían historia de ser alérgicos a la soya tradicional. Afortunadamente, esta soya transgénica no se encuentra disponible comercialmente. Sin embargo, hay otros OGMs que se encuentran comercialmente disponibles y que puede causar reacciones alérgicas severas en personas, haciendo de extrema importancia el etiquetado adecuado que indique la presencia de OGMs en alimentos.

Medidas para prevenir la alergenicidad de OGMs han sido implementadas. Un grupo conjunto de la Organización para los Alimentos y la Agricultura de las Naciones Unidas (FAO) y de la Organización Mundial de la Salud (WHO) ha publicado diferentes criterios y pautas a tomar para predecir la alergenicidad de los OGMs siguiendo una evaluación de riesgos. En esta evaluación se considera la fuente del gen, la comparación de secuencias de aminoácidos con conocidos alergenos, análisis inmunológicos completos, y las propiedades físico-químicas del producto genético. Esta publicación enfatizo la ausencia de una prueba universal de diagnostico que pueda determinar la alergenicidad de OGMs, e indica que diversas pruebas tienen que ser hechas en conjunto. Sin embargo, diferentes grupos de investigación están desarrollando y aplicando diferentes pruebas in vitro y modelos animales in vivo utilizando roedores, cerdos, y perros para evaluar la alergenicidad de OGMs de una manera mas efectiva y completa.

2. Desarrollo de resistencia a antibióticos

Cuando se diseña un OGM, genes marcadores son usualmente insertados en conjunto con el gen de interés, lo cual facilita la identificación de una satisfactoria modificación genética. Diversos marcadores genéticos son usualmente utilizados incluyendo genes resistentes a herbicidas y genes resistentes a antibióticos. Genes resistentes a antibióticos han sido utilizados en el desarrollo de la mayoría de OGMs ya que proveen la fácil identificación de organismos con una satisfactoria transferencia genética. De tal forma, que muchos OGMs contienen genes resistentes a antibióticos. Esto conlleva a la posibilidad de transferencia genética de este gen del OGM a la flora bacteriana habitual de nuestro tracto gastrointestinal. Si esto ocurriera, la eficacia de antibióticos en nuestro organismo se vería severamente afectada. Sin embargo no hay reportes publicados que hayan demostrados definitivamente que un gen resistente a antibióticos haya sido transferido a la flora bacteriana, pero el debate sigue abierto.